Работа в отделе бактериологии проводится  в следующих направлениях:
- бактериологические  исследования на инфекционные болезни сельскохозяйственных, домашних, декоративных, промысловых диких и зоопарковых животных, птиц, рептилий, рыб, пчел с последующей идентификацией микроорганизмов и определением чувствительности к антибактериальным препаратам каждого выделенного вида возбудителя.
- санитарно-зоогигиенические исследования, включающие микробиологический контроль по санитарно-показательным, условно-патогенным и патогенным микроорганизмам молока коров на мастит, спермы, препуциальной и влагалищной слизи, кормов растительного и животного происхождения, воды, смывов с объектов подлежащих ветеринарному надзору, воздуха, качества дезинфекции. 
Бактериологические исследования:

  • брадзот, бруцеллез, дизентерия свиней, злокачественный отек, анаэробная энтеротоксемия,
  • кампилобактериоз, колибактериоз, листериоз, некробактериоз, отечная болезнь,
  • паратуберкулез, пастереллез, псевдомоноз, рожа, сальмонеллез,
  • сибирская язва, стафилококкоз, стрептококкоз, трихомоноз,
  • туберкулез, эмкар, септицимия,
  • гафниоз и цитробактериоз пчел, американский гнилец, европейский гнилец,
  • аэроманоз рыб, псевдомоноз рыб,
  • исследования на патогенную и условно-патогенную микрофлору

Санитарно-зоогигиенические исследования:

  • исследование молока на мастит,
  • сперма:

-санитарная оценка (коли – титр, общая бактериальная обсемененность)
-псевдомоноз
-стафилококкоз
-анаэробы
-кампилобактериоз,

  • корма:

-сальмонеллы
-БГКП
-анаэробы
-протей
-ОМЧ

  • вода:

-ОКБ
-ТКБ
-ОМЧ

  • смывы с объектов подлежащих ветеринарному надзору:

-БГКП
-сальмонеллы
-стафилококки

  • воздух,

-ОМЧ

  • контроль качества дезинфекции.
  • Для проведения бактериологических и санитарно-зоогигиенических исследований в лабораторию следует предоставить следующие биологические объекты:
  • - внутренние органы или трупы животных, птиц, шкуры, абортированные плоды, фекалии,
  • смывы с кожи, конъюнктивы, ушной раковины, ротовой и носовой полости, препуциального мешка, влагалища и другие биологические жидкости организма, смывы с объектов подлежащих ветеринарному надзору, смывы с яиц,
  • - молоко
  • - сперму
  • - корма
  • - воду
  • - рыбу
  • - подмор пчел
- пчелиные соты